邊境牧羊犬通常被以為是黑白相间的犬種，但真相並非如此。邊境牧羊犬的毛色在標準上是可以有多种颜色，有些是三色斑點，有些有三種颜色。黑白相間的毛色是最具代表性的，但一隻黑白相间毛色的邊境牧羊犬可能携带隱性的各种颜色的基因。 記住這一点是很重要的，當有些颜色是不平常甚至是欠缺的時候，飼主“設定”狗的毛色並不是一种愉樂。性格，健康状况，品种特徵都是當一個專業繁殖家應該注意的特徵。有時候会有不同的颜色偶然出现
每個基因有一個顯性因子和一個隱性因子。舉例而言，一隻狗從它的父親遺傳纯黑毛色的基因，從它的母親遗傳纯红色的基因。因為纯黑色基因是顯性的，纯红色的基因是隐性的， 纯黑色基因会蓋過纯红色基因，因而狗会是纯黑的毛色。但這隻狗繁衍下一代時，每隻小狗只穫得其中一個基因--- 有些可能遗傳纯黑色的基因，有些可能遗傳隐隱性的纯红色的基因。 基因控制各种品性特徵，比如毛色，耳朵姿態，毛的長度，眼睛的颜色，等等。四隻小狗可能会互相很不相同，有的可能有尖耳朵，有的是短耳朵，有的是長毛，有的是平滑的毛髮。最具吸引人的则是邊境牧羊犬的毛色。有的幼犬可能是黑白相間的，有的可能是红灰和黑斑点的，有的可能是蓝色和浅黄色的。 毛色並非由一個基因决定，而是由幾個基因决定，每個基因有一個顯性因子和一個隐性因子。 下面的表格顯示了决定邊境牧羊犬毛色的四种基因，
基因 显顯性 隱性
基因1 纯黑 纯红
基因2 非浅黄 浅黄
基因3 不變浅 變浅
基因4 蓝灰或红灰带黑斑点 非‘蓝灰或红灰带黑斑点’
因此，决定纯色的基因有一个黑色的顯性因子和一个红色的隐性因子。决定是不是有斑点的基因有一个顯示斑点的顯性基因和一個不顯示斑点的隐性基因。
黑白色邊境牧羊犬 ....
記住，狗携带每個基因的2個複製因子，一個遗傳自父系，一個遗传傳自母系。 黑白邊境牧羊犬 這種种颜色很在國內最為常見常见，也常被人以為是真正的邊境牧羊犬的颜色。事實上，這种邊境牧羊犬是一种種白色的狗配有纯色帶有斑點的狗被以為是遗傳性的斑点。經典的邊境牧羊犬標誌是“帶有{愛爾蘭斑点}”。 黑色是纯色中的顯性基因，因此一隻黑白相间的狗有可能掩蓋了隱性的红色基因。如果一隻带有了一個顯性基因，那麼光看外表就無法分辨它是否携带隱性基因，因為顯性基因掩盖了隱性基因。
三色（黑，白和）邊境牧羊犬
三色的典型毛髮是棕黄色斑点蓋在每隻眼睛上方，臉的四周，前部的頭頂部和直到後腿的部份。非三色是顯性因子，因此如果狗要顯示三色必须携带2個三色隱性基因。三色的程度很不相同。 這种狗有一個顯性的黑色的基因在纯色基因中（另一個基因则未知，可能是红色，可能是黑色）。不有2個隐性的三色基因，因為它显顯示的就是三色的毛髮。所有的三色狗在肛門處後方纏着一些浅錢色的毛。
红色（棕色或深褐色}邊境牧羊犬
红色的纯色基因是隱性的，因此显顯示红色的狗一定携带2個隱性红色纯色基因。也就是說，它的雙親均至少携带一個红色隱性纯色基因。 红色邊境牧羊犬所指的是和其棕色或深褐色的改良品種是一樣的。红色在日光下有變淺的倾向。红色的狗有浅色的眼睛和深赤褐色的鼻子。
蓝色（深蓝灰色）邊境牧羊犬
蓝色來自於藍色基因。這2個因子是非常希有的（顯性因子）和非常希有的（隐性因子）。藍色不是一种颜色而是很希少的纯色基因（或黑色或红色）的遺傳。這也不同於蓝灰色狗—這種蓝灰基因很不相同， 為了显顯示蓝色，狗必须携带2個隐性稀釋的基因—分别來自它的父母雙方。因此，它的'雙親必须要嗎是黑色或红色並且携带稀釋的基因或者本身是蓝色或淺紫色雙親
蓝色三色邊境牧羊犬
因為邊境牧羊犬的毛色由一系列基因决定，所以各獨立的色彩可能顯示在一條狗身上。這種狗基本上是黑白色，但携带2個稀釋隐性基因和2個三色（黑色和棕黄色）隐性基因。它有可能携带一個红色纯色基因，我们無法分辨。這種狗，我们都知道，它携带2個隐性稀释基因（否则它不可能显顯示蓝色或浅紫色）和2個三色稀释基因（否则它不会顯示棕黄色）。我们也知道，它不携帶混色基因（混色是能够顯示出來的显顯性基因）
红色三色邊境牧羊犬
這種狗是红色和白色因此它必须携带2個隐性纯色基因（黑色是顯性，红色是隱性）和2個隐性三色基因（黑色和棕黄色）。跟蓝色三色狗一樣，黑色，白色和红色和白色。我们知道這種狗不携带混色基因。因為混色基因是顯性的，如果携带了则会顯示出混色。 飼主通過觀察狗不能分辨出他是不是携带兩個稀释基因。它不携带2個稀释基因（否则它会显示出浅紫色三色）因為它有一個纯色（红色）但它可能携带一個稀释基因和一个非稀释基因，非稀释基因是顯性的。
蓝灰混色邊境牧羊犬{雲石色}
混色是一個非常有趣的基因。它在很多狗的後代中都發现存在的，包括澳洲牧羊犬和柯利牧羊犬。但是它經常被冠有不同的名字（大里石花色，澳大利亞牧羊犬的花呢色等等）。混色基因是顯性的以致於它只要携带一個混色基因，它就会顯示混色特徵。 混色通过白色不规则的斑紋或黑色或红色，中斷了纯色狗的毛色（不管是黑色還是红色）。中斷的颜色取决於狗是携带顯性的黑色基因還是红色的隱性基因。
红灰混色邊境牧羊犬
因為混色是顯性的，似乎應該這种现象会很普遍，但事實並非如此。混色被以為是半致死的基因而且一隻混色狗從不和另一隻混色狗交配，即使這種情况發生，接收2個混色基因的幼犬有可能有嚴重的健康问题。 携带2個混色基因的小狗可能是纯白毛，或是瞎子，，没有眼睛，或者部分甚至全聾。因此混色必须常於纯色基因交配（不管是稀释还是不稀释）。
蓝灰混色邊境牧羊犬
混色是少量显性基因之一，它有可能存在這隻狗携带1個隐性基因（非混色）。因為缺乏以上所說的健康问题。混色有時候能產生蓝色眼睛。 最普遍的混色是蓝灰混色。狗携带有顯性的黑色纯色基因通過顯性的混色基因變成了浅白蓝色。如果這一隻狗也携带了2個三色隐性基因，它也将顯示象蓝灰一樣的三色邊境牧羊犬。
红灰三色邊境牧羊犬
因為红色是隐性基因，因此红灰在國內比较少见。狗携带2個隐性红色纯色基因和2個隐性三色基因。而且如果這一隻携带1個顯性混色基因（因為毛色是大理石白色）和一個隐性非混色基因。這個将不会有健康问题。 稀释蓝色和浅紫色非常少见，因為这种自然的隐性稀释基因和混色基因一起出现很稀有。大部分國外的飼養避免 這種颜色的组合，他们遺傳穩定.犬種標準，而不是改良創新的毛髮。
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